خلاصه داستان:

در ادامه داستان که نئو در آن در یک سردرگمی به سر می‌برد که دلیل انتخاب او چه بوده‌است. البته ماتریکس ۲ موفقیت کمتری در مقابل ماتریکس ۱ داشت. داستان متریکس ۲ و ۳ کاملاً به هم پیوند دارد و در اصل می‌توان آن دورا یکی فرض کرد. در ماتریکس ۲ نئو در جستجو برای پیدا کردن جواب سوالات خود به ملاقات طراح ماتریکس می‌رود این شخص به نئو می‌گوید که تو اولین تن نیستی و پنج تن دیگر هم قبل از تو وجود داشته‌اند. در ادامه نئو باید بین نجات زایون و نجات ترینیتی یکی را انتخاب کند. نئو ترینیتی را نجات می‌دهد و داستان تا ماتریکس ۳ دنباله پیدا می‌کند.